Geralmente arquivos são apenas nautilus , então se você quiser removê-lo talvez você precise executar
sudo apt-get purge --auto-remove nautilus
mas tenho um mau pressentimento sobre isso. O Nautilus está profundamente integrado no Ubuntu.
De qualquer forma, eu encontrei um wiki de ajuda da comunidade que possui métodos para configurar o Thunar como gerenciador de arquivos padrão . Há um método de script e um método manual.
O método de script deve ser mais fácil, mas há uma declaração escrita antes. (não acho que você deva se preocupar)
Para usar o método de script, faça um arquivo de texto em sua pasta pessoal e chame-o de defaultthunar e copie este e cole-o dentro do arquivo de texto.
Em seguida, execute esses dois comandos:
chmod +x defaultthunar
./defaultthunar
É isso. Se você quiser restaurar o nautilus de volta, execute ./defaultthunar no terminal (que apenas executa o script novamente).
Como alternativa, você pode fazer o método manual se desejar.