Eu tive o mesmo problema e consegui resolvê-lo. (No meu caso, eu fiz o pen drive inicializável do Mac OS X (Mac Mini), mas estava rodando em um Thinkpad X220 Tablet. Então eu acho que o problema de inicialização não é específico do Macbook).
Você precisa primeiro formatar o pen drive e, em seguida, executar o unetbootin e configurar o Ubuntu nele.
Para formatar o pen drive no Mac OS X, você pode siga estas instruções e formate como MS-DOS (FAT). Essencialmente, você precisa usar o Utilitário de disco Applications > Utilities >, selecionar a unidade e formatá-la como FAT.
O problema ocorreu porque você não formatou a unidade primeiro.