Você só precisa reiniciar se o Ubuntu pedir, por exemplo quando um novo kernel foi instalado. (É até mesmo possível contornar essas reinicializações por meio do ksplice , que aplica atualizações ao kernel em execução.) Caso contrário, não há benefícios dele. Reiniciar o aplicativo específico ou efetuar logout e efetuar login frequentemente é o suficiente para obter todos os benefícios das atualizações.