Meus próprios testes no Hexchat sob Trusty Tahr:
andrew@corinth:~$ hexchat --version
HexChat 2.9.6
não conseguiu reproduzir este problema. Eu fiz a alteração nas preferências, como você também fez:
e a configuração foi preservada após o desligamento. Eu noto que as FAQs do Xchat falam dessa configuração:
/set irc_conf_mode 1
que ativa o modo 'Conferência' onde globalmente você não poderá ver as partes e junções. Talvez tente isso, embora a mesma configuração seja usada nas preferências do Hexchat gui, conforme ilustrado acima.
Você também pode remover temporariamente os arquivos de configuração do Hexchat:
mv -v $HOME/.config/hexchat/ $HOME/.config/hexchat_bak
e então reinicie o Hexchat e veja se as configurações padrão permitirão que as alterações acima funcionem ...
Para devolver seus arquivos de configuração antigos, se você desejar, você deve executar:
mv -v $HOME/.config/hexchat_bak $HOME/.config/hexchat
Referências: