A solução no final foi usar o fakeroot ( sudo apt-get install fakeroot
).
Em seguida, o empacotador pode possuir os arquivos a serem empacotados, mas quando executamos:
fakeroot dpkg-deb --build debian
ele falsifica o construtor para pensar que todos os arquivos são de propriedade de root e mantém o lintian feliz e instala os arquivos como root no servidor de destino.