Em vez de eliminar seus aplicativos compilados, considere usar o aplicativo checkinstall em primeiro lugar . Ao compilar usando checkinstall você usaria algo como o seguinte:
./configure
make
sudo checkinstall
Isso lhe dará a opção de desinstalar o seu software compilado usando o Centro de Software, Synaptic ou dpkg e permitindo a integração completa de seus aplicativos compilados com o sistema de empacotamento do Ubuntu.
Referências: