~ é um atalho para o seu diretório pessoal. Então, você digita cd ~ para acessar seu diretório pessoal ou cd ~/Desktop para acessar sua área de trabalho.
No entanto, se você usou sudo su para se tornar root, isso não funcionará - ele levará você ao diretório inicial do root.
cd /home/<your username>/Desktop sempre levará você à sua pasta da área de trabalho se você tiver permissões de acesso. Não tenho certeza se há uma maneira mais rápida enquanto logado como root.