Eu encontrei uma solução para isso :) Aqui você pode encontrar um problema semelhante: " Tópico: Problemas com a atualização de software: aptdaemon ".
O problema surge do seguinte diretório:
/var/lib/apt/lists/partial
Então, faça o seguinte:
sudo rm -rf /var/lib/apt/lists
sudo apt-get update
fez o truque:)