O GNOME não gosta muito do tema Unity. Existem duas maneiras de corrigir isso. Você pode alternar para o tema GNOME padrão ou instalar o Numix, que é uma espécie de versão simples do Unity.
Você precisará instalar a ferramenta GNOME Tweak primeiro. Abra um terminal e execute sudo apt-get install gnome-tweak-tool .
Use o tema do GNOME
Procure por "Tweak Tool" e abra-o.
Vá para a guia Aparência. Altere as listas suspensas "Window", "GTK +" e "Icons" para "Adwaita". Relogar ou reiniciar e seu tema deve ser o padrão do GNOME. (Sem mais problemas de tema)
Instalar o Numix
Abra um terminal e execute
sudo add-apt-repository ppa:numix/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install numix-gtk-theme numix-icon-theme-circle
Ferramenta Open Tweak.
Nos mesmos campos acima, selecione Numix em vez de Adwaita. Relogar ou reiniciar para garantir que o tema seja totalmente aplicado.
Espero que você não tenha mais problemas com esses cantos.