Eu tenho o mesmo problema, muito chato.
Parece ser um erro de foco no evince: link . Ele foi corrigido nas versões 3.17.3+ (e back-ported para 3.14.2), no entanto, o Ubuntu 15.10 está usando 3.16.1. Não tenho certeza de como é fácil fazer o upgrade / downgrade do Evince para essas versões.
Edit: Eu fiz o back-port do patch para o 3.16.1 (as alterações são menores) e o problema desapareceu. Você pode baixar meus pacotes (se você confiar em mim o suficiente, caso contrário, é muito fácil construir você mesmo) aqui: link (você não precisa instalar todos os pacotes, eu acho que evince e evince-common são suficientes).