Outra questão relacionada aqui
No Windows, posso usar o Foxit, mas no Ubuntu x64, o que posso usar? A Foxit parece fornecer apenas uma versão i386
Você pode usar o Xournal. Funciona no meu sistema de 64 bits.
O Okular padrão do KDE (http://en.wikipedia.org/wiki/Okular) suporta destaque, sublinhado e assim por diante.
Você pode instalar o 32bit foxit no 64bit ubuntu executando o comando sudo dpkg -i --force-architecture <name of the file>.deb
em um terminal na mesma pasta que o arquivo .deb.
Desta forma, você não perderá a aplicação com a qual está familiarizado e não terá que passar por isso com o vinho.
Nota: a versão linux do Foxit não suporta realce de texto!