Ok, resolvi isso com o seguinte código:
class MainWindow(QMainWindow):
def __init__(self, filelist, **kwargs):
openFileAtStart(filelist)
def openFileAtStart(self, filelist):
matching = [s for s in filelist if ".myformat" in s]
if len(matching) > 0:
self.openFileByName(matching)
if __name__ == "__main__":
from sys import argv, exit
from PyQt5.QtWidgets import QApplication
a = QApplication(argv)
MainWindow(argv)
Basicamente, na abertura, o QApplication precisa ler os argumentos argv , e remove qualquer coisa relacionada ao Qt. Do que eu passar os argumentos restantes para o meu aplicativo ("MainWindow"), que irá lidar com a lista de verificação de itens que correspondem ao meu formato e irá lançar essa lista para a minha função que lida com arquivos de abertura.