Compiz no Ubuntu usa por padrão o backend de configuração do dconf. Os dados do usuário são armazenados em ~/.config/dconf/user
$ file ~/.config/dconf/user
/home/username/.config/dconf/user: GVariant Database file, version 0
É melhor copiar esse arquivo da nova página inicial do sistema se você quiser manter as mesmas configurações de usuário. Se não funcionar ou não funcionar, remova-o.