Para isso, tente editar a chave speed
do esquema org.gnome.desktop.perihperals.touchpad
. A descrição da chave é a seguinte:
Pointer speed for the touchpad. Accepted values are in the [-1..1] range (from "unaccelerated" to "fast"). A value of 0 is the system default.
que indica strongmente que a chave gnome tem algo a ver com a aceleração do touchpad. Use o editor dconf ou gsettings através da linha de comando e veja se modificar esta chave tem algum efeito.