Não deve haver um grande problema na instalação de várias versões do JDK. Apenas um será o primeiro no caminho, mas você poderá executar explicitamente o outro, conforme necessário, usando apenas o nome completo do caminho. Dependendo de como você está executando, você pode ter configurações diferentes associadas a cada programa. Por exemplo, no Netbeans cada projeto tem um JDK associado, portanto, quando executo alguns projetos, ele é executado com o JDK 7 e outros executados com o JDK 8. Você também pode incorporar diferentes diretórios JDK em scripts de inicialização ou .desktop para cada programa.
Gephi pode ser executado em um sistema onde o JDK 8 é o primeiro no caminho com o comando:
gephi --jdkhome /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/