Esqueça o pacote Caliber nos repositórios do Ubuntu, ele está desatualizado e não é muito bem mantido.
sudo apt-get remove calibre
Instale o Caliber com o comando abaixo, o autor do Caliber fornece um ótimo script de instalação.
sudo -v && wget -nv -O- https://raw.githubusercontent.com/kovidgoyal/calibre/master/setup/linux-installer.py | sudo python -c "import sys; main=lambda:sys.stderr.write('Download failed\n'); exec(sys.stdin.read()); main()"
Este script permite que você obtenha a versão 2.41.0 sem o problema de perder bibliotecas.
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