A maneira mais fácil é excluir os arquivos de configuração do menu accelearators e, em seguida, reiniciar os aplicativos correspondentes para entrarem em vigor (não é necessário efetuar logout ou reinicializar o sistema).
Onde estão os arquivos de configuração
Os arquivos de configuração são encontrados em accels.scm por base de aplicativo, por usuário. Para listar todos os arquivos existentes para o usuário atual, execute o seguinte comando e veja sua saída.
$ locate accels
/home/USERNAME/.config/Mousepad/accels.scm
/home/USERNAME/.config/Thunar/accels.scm
/home/USERNAME/.config/ristretto/accels.scm
USERNAME refere-se ao nome do usuário atual.
Existem apenas três resultados correspondentes por padrão (no Xubuntu 14.04), que são arquivos de configuração de aceleração de menu para o editor de texto do Mouse, o gerenciador de arquivos Thunar e o visualizador de imagens ristretto.
Arquivos de configuração ausentes
Como sugerido acima, nem todos os aplicativos têm os arquivos de configuração por padrão. Por exemplo, o Xfce Terminal não criará o arquivo accels.scm para o usuário atual, a menos que os aceleradores de menu tenham sido alterados no Terminal do Xfce.
Se você já tentou alterar o acelerador de menu no Xfce Terminal, verá mais uma linha adicional com a seguinte saída.
/home/USERNAME/.config/xfce4/terminal/accels.scm
Se a linha adicional não for vista imediatamente, atualize o banco de dados para o comando locate executando sudo updatedb.mlocate no Terminal. Por fim, execute novamente locate accels e os resultados correspondentes serão atualizados como acima.
Testado trabalhando no Xubuntu 14.04 (Xfce 4.10).
TL; DR Exclua os arquivos de configuração e reinicie os aplicativos. De volta ao padrão.