Dado que o seu passo 2 (' eu copiei as minhas pastas para o diretório principal ') pode não ter sido devidamente concluído, aconselhamos que o considere como uma recuperação de dados exercício.
Experimente as ferramentas de fornecedores para recuperação de dados (provavelmente baseadas no Windows), para localizar / recuperar suas pastas "perdidas".
OBSERVAÇÃO: Muitas maneiras possíveis de "tratar" esse problema e obter uma estrutura viável de partição / diretório provavelmente perderão seus dados irremediavelmente.