Você tem que fazer o downgrade do seu kernel um pouco. Algo em 4.2 quebrou, estou atualmente em 4.1.6
Linux 4.1.6-1 - > 4.2.2-1 interrompe a passagem PCI no QEMU / KVM
Editar: Eu atualizei para o 4.3-rc7 e os problemas parecem ter sido corrigidos por este patch. Eu suponho que será backported eventualmente.
Correções do IOMMU para Linux v4.3-rc7