Eu tentei procurar esse problema em outros fóruns, mas nenhum deles ajudou. Então eu criei meu próprio método alternativo.
1) Altere a posição do Unity Launcher para o final
Isso pode ser feito executando o seguinte comando no terminal
gsettings set com.canonical.Unity.Launcher launcher-position Bottom
2) Certifique-se de que a ocultação automática esteja ativada para o iniciador de unidade e defina sua sensibilidade para a menor
( link )
3) Pressione a tecla super e adicione aplicativos aleatórios ao iniciador de unidade até que se alinhe com o posicionamento do docky.
( link )
E agora deve funcionar :)
Nota: se você abrir um aplicativo que você usou como um aplicativo aleatório na etapa 3, talvez ele não minimize ao máximo o docky