Tente em um terminal
xfconf-query -c xfwm4 -p /general/use_compositing -t bool -s false
xfconf-query -c xfwm4 -p /general/use_compositing -t bool -s true
O quadrado desaparece, mas você precisa fazer após cada reinicialização do computador.
Eu encontrei esta solução em outro fórum. Eu não entendo porque isso funciona.