Esta não é uma solução completa passo-a-passo, mas você parece ter experiência suficiente. : -)
O driver Fglrx é instalado usando dkms.
Você sempre pode remover este mergulhador de um kernel específico pelo comando
sudo dkms remove <module_name>/<module_version> -k <kernel_version>
module_name é fglrx
ou fglrx_pci
se eu me lembrar disso corretamente.
Você também pode editar /usr/src/<module_name>-<module_version>/dkms.conf
e remover AUTOINSTALL=yes
de lá.
Mas o problema pode estar nos scripts de instalação que podem colocar o driver radeon na lista negra. Por isso, precisa de alguma pesquisa no pacote deb e nos testes.
Por isso, é viável, mas IMHO não vale a pena esforços.
Você sempre pode instalar o fglrx em um pacote deb, e se algo der errado, remova-o do console.