Eles mudam o estado físico de partes da unidade (alterando a intensidade dos campos magnéticos em uma unidade mecânica e a quantidade de carga dos campos eletrônicos de uma unidade flash), é assim que essas coisas funcionam, embora eu não use acha que essa é a sua pergunta.
O uso das coisas também as consome, mas também não acho que seja essa a sua pergunta.
Não há danos diretos que essas ferramentas causam às unidades de armazenamento, mas evitam executá-las constantemente em flash drives, porque suas células sofrem de um número limitado de possíveis ciclos de apagamento de programas antes da interrupção.