Eu observei uma estrela (*) antes do nome do arquivo .... significa que você não salvou o arquivo.Clique em save .
sudo -H gedit /usr/share/applications/liclipse.desktop
Alterar o número da versão
[Desktop Entry]
Version=2.4.0
Name=LiClipse
Comment=IDE for Python/Django developers
Exec=env UBUNTU_MENUPROXY=0 /opt/liclipse/LiClipse
Icon=/opt/liclipse/icon.xpm
Terminal=false
Type=Application
Categories=Utility;Application;Development;IDE
Só sei que testei ...