Você não pode remover uma versão compilada da mesma forma que um pacote deb.
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Se você não tiver mais o código-fonte, faça o download do código-fonte novamente
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Compile o Wireshark novamente e não instale
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Instale
checkinstallsudo apt-get install checkinstall -
Instalar, sim instalar via
sudo checkinstallPor quê?
checkinstallcria um pacote deb e instala o pacote e sobrescreve dessa maneira todos os arquivos instalados da sua instalação anterior viasudo make install -
Remover
sudo apt-get remove wireshark
E, no futuro, use checkinstall para instalar seu código auto-compilado.