Como especificar o caminho para a ferramenta instalada?

Question

Eu instalei o SRA Toolkit usando este comando sudo apt-get install sra-toolkit sob o Ubuntu. Agora estou tentando usar uma de suas partes - fastq-dump.2.1.7 , mas recebo um erro do qual entendi que não especifiquei o caminho para esse software. Isso é estranho porque eu posso verificar a versão deste software e também é adicionado ao diretório /usr/bin/ . Alguém sabe como superar esse erro? O código está abaixo

mkosinski@mkosinski-E540:~$ fastq-dump.2.1.7 ~/WCO/Kasia/SRR1294095.sra 
2015-10-19T20:52:13 fastq-dump.2.1.7 err: path incorrect while opening manager within database module - failed /home/mkosinski/WCO/Kasia/SRR1294095.sra
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mkosinski@mkosinski-E540:~$ fastq-dump.2.1.7 -version

fastq-dump.2.1.7 : 2.1.7

mkosinski@mkosinski-E540:~$ ls  -l /usr/bin/fastq-dump.2.1.7 
-rwxr-xr-x 1 root root 93384 cze 15  2012 /usr/bin/fastq-dump.2.1.7

    

Answer 1

Recebi uma resposta dos biostars: link Foi um problema com o arquivo .sra - não com o SRA Toolkit .