Resposta curta: Sim, você pode instalar aplicativos no USB inicializável.
Resposta longa: A instalação de aplicativos requer espaço suficiente para a execução dos programas, portanto, se você tiver o Ubuntu em um pequeno usb inicializável, talvez não tenha espaço suficiente para instalar. Além disso, todos os aplicativos que você instalar na unidade inicializável serão excluídos assim que você desligar ou reinicializar o computador. Você também pode precisar baixar novas atualizações, mesmo com uma nova instalação do Ubuntu com o "sudo apt-get upgrade"
O ubuntu inicializável ao vivo ou "try" não é para uso diário