Os aplicativos de vinho geralmente deixam muito lixo, por exemplo, itens de menu em arquivos .doc após a instalação do Microsoft Office. Para removê-lo, você precisa:
rm .local/share/applications/wine-extension-*
Para remover entradas de menu, você precisa editar:
usr/share/applications/mimeinfo.cache
~/.local/share/applications/mimeinfo.cache
~/.local/share/applications/defaults.list
E, clique com o botão direito do mouse no arquivo do qual você deseja remover entradas de menus inválidos e escolha Propriedades. Na quarta guia, você pode excluir entradas desnecessárias.