A solução foi colocar o executável diamond no diretório /usr/bin . Depois disso, sem etapas adicionais de instalação, o programa funciona.
Estou tentando instalar a ferramenta de bioinformática chamada DIAMOND. Infelizmente estou com problemas durante a instalação:
A versão do Ubuntu que estou usando é: Ubuntu 14.04 LTS
Estou seguindo este manual: link
Primeiro eu executei o comando:
wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.7.9/diamond-linux64.tar.gz
e
tar xzf diamond-linux64.tar.gz
Eu executei o comando no diretório onde eu quero instalar o programa. Os arquivos que eu tenho agora são:
Quando executo um comando de teste no manual, recebo este erro:
markschuurman@markschuurman-OptiPlex-7010:~/Desktop/Onderzoek_BioCentre/DIAMOND_BLAST$ diamond makedb --in nr.faa -d nr
No command 'diamond' found, did you mean:
Command 'kdiamond' from package 'kdiamond' (universe)
diamond: command not found
Depois disso eu tentei "Compilando a partir do código-fonte", "Compilando usando o CMake" e "Instalando usando o Homebrew / Linuxbrew sem sucesso".
Comando do manual e erros:
$ wget http://github.com/bbuchfink/diamond/archive/v0.7.9.tar.gz
Nenhum erro
$ tar xzf v0.7.9.tar.gz
Nenhum erro
$ cd diamond-0.7.9/src
Nenhum erro
markschuurman@markschuurman-OptiPlex-7010:~/Desktop/Onderzoek_BioCentre/DIAMOND_BLAST/diamond-0.7.9/src$ ./install-boost
/libboost_chrono.a
common.copy ../boost/lib/libboost_chrono.a
common.mkdir bin.v2/libs/iostreams/build/gcc-4.8/release/link-static
common.mkdir bin.v2/libs/iostreams/build/gcc-4.8/release/link-static/threading-multi
gcc.compile.c++ bin.v2/libs/iostreams/build/gcc-4.8/release/link-static/threading-multi/file_descriptor.o
gcc.compile.c++ bin.v2/libs/iostreams/build/gcc-4.8/release/link-static/threading-multi/mapped_file.o
gcc.compile.c++ bin.v2/libs/iostreams/build/gcc-4.8/release/link-static/threading-multi/bzip2.o
libs/iostreams/src/bzip2.cpp:20:56: fatal error: bzlib.h: No such file or directory
#include "bzlib.h" // Julian Seward's "bzip.h" header.
^
compilation terminated.
......
common.copy ../boost/lib/libboost_thread.a
common.mkdir bin.v2/libs/timer/build/gcc-4.8/release/link-static
common.mkdir bin.v2/libs/timer/build/gcc-4.8/release/link-static/threading-multi
gcc.compile.c++ bin.v2/libs/timer/build/gcc-4.8/release/link-static/threading-multi/auto_timers_construction.o
gcc.compile.c++ bin.v2/libs/timer/build/gcc-4.8/release/link-static/threading-multi/cpu_timer.o
gcc.archive bin.v2/libs/timer/build/gcc-4.8/release/link-static/threading-multi/libboost_timer.a
common.copy ../boost/lib/libboost_timer.a
...failed updating 2 targets...
...skipped 6 targets...
...updated 11465 targets...
markschuurman@markschuurman-OptiPlex-7010:~/Desktop/Onderzoek_BioCentre/DIAMOND_BLAST/diamond-0.7.9/src$ make
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/blast_encoding.o algo/blast/core/blast_encoding.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/blast_stat.o algo/blast/core/blast_stat.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/blast_filter.o algo/blast/core/blast_filter.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/blast_util.o algo/blast/core/blast_util.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/blast_message.o algo/blast/core/blast_message.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/ncbi_erf.o algo/blast/core/ncbi_erf.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/blast_options.o algo/blast/core/blast_options.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/ncbi_math.o algo/blast/core/ncbi_math.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/blast_program.o algo/blast/core/blast_program.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/ncbi_std.o algo/blast/core/ncbi_std.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/blast_psi_priv.o algo/blast/core/blast_psi_priv.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/raw_scoremat.o algo/blast/core/raw_scoremat.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/blast_query_info.o algo/blast/core/blast_query_info.c
gcc -O3 -DNDEBUG -c -o algo/blast/core/blast_seg.o algo/blast/core/blast_seg.c
g++ -O3 -DNDEBUG -Iboost/include -Wall -Wno-uninitialized -march=native -c -o main.o main.cpp
g++ -O3 -DNDEBUG -Iboost/include -Wall -Wno-uninitialized -march=native -c -o basic/options.o basic/options.cpp
g++ -O3 -DNDEBUG -Iboost/include -Wall -Wno-uninitialized -march=native -c -o util/tinythread.o util/tinythread.cpp
g++ -o ../bin/diamond algo/blast/core/blast_encoding.o algo/blast/core/blast_stat.o algo/blast/core/blast_filter.o algo/blast/core/blast_util.o algo/blast/core/blast_message.o algo/blast/core/ncbi_erf.o algo/blast/core/blast_options.o algo/blast/core/ncbi_math.o algo/blast/core/blast_program.o algo/blast/core/ncbi_std.o algo/blast/core/blast_psi_priv.o algo/blast/core/raw_scoremat.o algo/blast/core/blast_query_info.o algo/blast/core/blast_seg.o main.o basic/options.o util/tinythread.o boost/lib/libboost_thread.a boost/lib/libboost_system.a boost/lib/libboost_timer.a boost/lib/libboost_chrono.a boost/lib/libboost_iostreams.a boost/lib/libboost_program_options.a -lpthread -lz -lrt
g++: error: boost/lib/libboost_iostreams.a: No such file or directory
make: *** [diamond] Error 1
Tentando usar o CMake:
wget http://github.com/bbuchfink/diamond/archive/v0.7.9.tar.gz
Nenhum erro
tar xzf v0.7.9.tar.gz
Nenhum erro
cd diamond-0.7.9
Nenhum erro
mkdir build
Nenhum erro
markschuurman@markschuurman-OptiPlex-7010:~/Desktop/Onderzoek_BioCentre/DIAMOND_BLAST/diamond-0.7.9$ cmake .. # Use cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=... to install to a different prefix.
Aqui não entendo qual prefixo eu preciso
Instalando com o Homebrew / Linuxbrew:
markschuurman@markschuurman-OptiPlex-7010:~/Desktop/Onderzoek_BioCentre/DIAMOND_BLAST/diamond-0.7.9$ brew install homebrew/science/diamond
No command 'brew' found, did you mean:
Command 'qbrew' from package 'qbrew' (universe)
Command 'brec' from package 'bplay' (universe)
brew: command not found
A solução foi colocar o executável diamond no diretório /usr/bin . Depois disso, sem etapas adicionais de instalação, o programa funciona.