Eu tive o mesmo problema e foi porque minha versão do ipython era diferente, pois foi instalada com o aptitude ao invés de pip. Eu vi isso com:
sudo pip uninstall ipython
Not uninstalling ipython at /usr/lib/python2.7/dist-packages, owned by OS
então eu desinstalei esta versão e reinstalei com pip:
sudo apt-get remove ipython
sudo pip install ipython
e então você pode instalar o kernel python2 e verificar se funciona:
sudo ipython kernelspec install-self
ipython kernelspec list
Nota: você pode querer usar a opção --user com pip se você quer evitar instalar como root