Que tal sed :
sed -i.bak '/^#/d' /etc/squid/squid.conf
O arquivo original será salvo como /etc/squid/squid.conf.bak . Se você não quiser salvar o arquivo original, use:
sed -i '/^#/d' /etc/squid/squid.conf
Ou grep :
grep -v '^#' /etc/squid/squid.conf > /etc/squid/squid.conf.bak && mv /etc/squid/squid.conf.bak /etc/squid/squid.conf
Não sugiro que você remova cegamente todas as linhas que começam com # , pois elas podem conter várias informações / sugestões importantes.