Tente o seguinte para ver se a ROOT é o proprietário do seu arquivo de configuração (isso pode acontecer quando você usa 'sudo' em vez de 'gksudo' no aplicativo de inicialização com uma GUI).
encontre $ HOME -não-usuário $ USER -exec ls -lad {} \;
Nesse caso, use:
sudo chown -R% YOUR_USERNAME%:% YOUR_USERNAME%% TARGET_FILE_OR_DIRECTORY%
para alterar o proprietário dos arquivos de configuração.
Felicidades