A configuração do vinho não está localizada em todo o sistema, mas no diretório do usuário (/home/user/.wine ou simplesmente em ~ / .wine). Você pode fazer backup dessa pasta e executar novamente o vinho, isso criará uma nova pasta com toda a sua configuração, incluindo o C: do vinho.
Para simplesmente deletar esta pasta (incluindo a drive_c) você pode executar:
rm -rf ~/.wine
Para backup:
mv ~/.wine ~/.wine.bak
Seu antigo windows drive_c estará em ~ / .wine.bak / drive_c
Em seguida, você pode reinstalar seus aplicativos de vinhos.