Tente executar sudo update-desktop-database depois de fazer qualquer alteração nos arquivos .desktop.
Eu tenho os ambientes de trabalho KDE e GNOME instalados no Ubuntu 10.10. Quando eu adiciono a entrada OnlyShowIn=GNOME; em um arquivo .desktop, o aplicativo não aparece no menu do KDE.
No entanto, quando adiciono OnlyShowIn=KDE; , o arquivo ainda aparece no menu do GNOME. Alguém sabe por que isso não está funcionando? Alguém tem uma solução alternativa?
Tente executar sudo update-desktop-database depois de fazer qualquer alteração nos arquivos .desktop.
Eu não sei sobre toda a história do Gnome, mas você pode usar isso no meio tempo: Menu do Gnome Estendido (pacote Debian)
Existe também uma versão do KDE: K Menu Gnome (pacote Debian)
Dica: leia a seção Últimas notícias no primeiro link;)