Vá para Configurações do sistema > Atualizações de software e desmarque a caixa de seleção do CD-ROM na parte inferior da guia mais à esquerda.
Isso removerá sua mídia de instalação da lista de repositórios.
Você também pode fazer isso editando manualmente (com privilégios de root!) o arquivo /etc/apt/sources.list e substituindo cada cdrom no início de uma linha com #cdrom (o # marca a linha como comentário e permite apt-get ignorá-lo).