Atualização: agora disponível para 16.04.2 usuários.
Você precisa ativar este repositório para o xserver mais recente:
https://launchpad.net/~canonical-x/+archive/ubuntu/x-staging
Ele vai te dar o xserver 1.19.3 assumindo que você já estava usando o 16.04.2 (HWE)
Você também precisa de um driver nvidia com as correções de bugs de maio. Estou usando o driver 375.66 daqui
https://launchpad.net/~graphics-drivers/+archive/ubuntu/ppa
Faça uma limpeza completa e reinstale os drivers nvidia. por exemplo.
sudo apt purge nvidia*
e, em seguida, reinstale, talvez pela ferramenta de drivers adicionais GUI.
Então faça um arquivo
/etc/modprobe.d/zz-nvidia-modeset.conf
com conteúdo:
options nvidia_375_drm modeset=1
verifique se você tem o Optimus habilitado no Bios (é "Híbrido" no meu Thinkpad P50) e pronto. Definitivamente não há mais cintilação. Eu não sei quão estável é ainda, o tempo dirá.
Resposta longa e detalhada aqui: Tela rasgando a Nvidia GTX960m