Eu não sei exatamente o que faz com que a inicialização termine em um prompt busybox / initramfs , mas posso fornecer uma solução alternativa que não envolve a instalação do Ubuntu para USB e ainda dá verdadeira persistência.
Tente usar a ferramenta mkusb
para tornar seu sistema USB persistente.
Instruções detalhadas são dadas aqui .
Documentação completa + trabalho pode ser encontrado em link