Sim, existe uma ferramenta de criador de USB para criar USB persistente chamado mkusb
que deve satisfazer suas necessidades.
Tem uma versão GUI
sudo apt-get install mkusb
e apenas um texto [ CLI ] versão
sudo apt-get install mkusb-nox
Suponho que o segundo é o que você quer aqui.
Funciona muito bem e eu o usei mesmo no atual ( como em 18-09-16 ) Ubuntu 16.04.
Você pode encontrar a documentação aqui. Se você quiser dar uma chance à versão GUI , confira também estas respostas.