Minha experiência, pelo que vale a pena.
Eu tive um problema semelhante com um laptop Dell e6420, comprado usado com o Windows 7, e o Ubuntu 14.04 adicionado após o fato por mim. O touchpad foi desativado e um mouse sem fio da Logitech com 'Unifying receiver' foi usado. A principal aplicação é como uma máquina de jogos Minecraft.
Após períodos aparentemente aleatórios, esses sintomas apareceriam: o ponteiro do mouse se moveria, mas os botões do mouse e a tecla enter do teclado parariam de funcionar. A única solução consistente que encontrei foi uma reinicialização de energia. O bastante extenso diagnóstico da Dell incorporado não relatou problemas de hardware.
Percebi que esses sintomas ocorriam principalmente com um ID de usuário configurado com permissões restritivas e configurado para login automático na inicialização. Usando o aplicativo administrativo "Usuários e Grupos" (sudo apt-get install gnome-system-tools) selecionei a conta incorreta, apertei o botão "Avançado", selecionei a aba "Permissões" e assegurei que todas as caixas de seleção estavam marcadas (em No meu caso, adicionei os ticks aos três únicos que não foram selecionados anteriormente: unidades de fita, unidades de disquete e envio e recebimento de faxes. Na minha opinião, os três não têm um link aparente para mouses ou teclados).
Com isso como a única alteração, após uma reinicialização, os sintomas desapareceram.