Eu consegui isso no Lubuntu 16.04
- Configura seu segundo monitor no modo estendido.
- Existe um arquivo de configuração da área de trabalho em ~ / .config / pcmanfm / lubuntu / desktop-items-0.conf
- Faça uma cópia renomeando-a para desktop-items-1.conf
- Agora reinicie o computador e você terá a mesma configuração nos dois desktops.
Depois disso, você pode clicar com o botão direito em cada desktop e configurá-los separadamente.
Espero que isso ajude.