Após um pouco de pesquisa e um pouco de ajuda dos outros, decidi remover a versão antiga e instalar uma nova cópia. Eu tirei tudo o que queria da instalação do wubi e instalei-o no Windows. Eu instalei a versão mais recente via USB e optei por instalar junto com o Windows. Demorou um pouco para o Ubuntu voltar ao que eu queria, mas está lá agora. É verdade que eu poderia manter a versão antiga do wubi lá, mas para mim esta foi uma boa oportunidade para ter uma nova cópia.