Você deve olhar para trás em seu terminal. Se a última linha for o seu prompt, então com certeza sua última linha de comando, sudo nautilus no seu caso, terminou.
Eu apenas uso um comando "sudo nautilus" (sim, sudo não gksudo) para deletar alguns diretórios que são de root. Então eu apertei o botão fechar para sair. Então minha pergunta é: Como eu sei que não estou usando o nautilus como root agora (depois que eu apertei o botão fechar) Como eu sei que permissão estou executando nautilus para que eu não faça algumas alterações indesejadas?
Você deve olhar para trás em seu terminal. Se a última linha for o seu prompt, então com certeza sua última linha de comando, sudo nautilus no seu caso, terminou.