Você está certo em ser cauteloso. Embora a substituição de grub-efi-amd64 por grub-pc provavelmente deixe o arquivo principal EFI do GRUB intacto, o GRUB pode ficar confuso com as alterações em seu arquivo de configuração - ou talvez não, pois esse é um tipo de sorte de coisa. Eu não vi esse problema específico por um tempo, mas quando eu fiz isso, muitas vezes resultou em problemas de inicialização, se não for pego.
Para ser mais útil, você pode tentar atualizar pacotes individuais (por exemplo, sudo apt-get install linux-headers-generic e assim por diante) para ver quais deles podem ter dependências inapropriadas e, em seguida, arquivar um relatório de erros em relação ao que estiver forçando a alteração. Se eles estão todos fazendo a mesma coisa, então pode ser algo não relacionado ao empacotamento de pacotes individuais, como a falta de uma árvore de diretórios /sys/firmware/efi (que poderia ser um problema no módulo do kernel). Isso pode merecer um relatório de bug arquivado contra um pacote relevante, ou talvez uma alteração no arquivo de configuração em seu sistema.
Outra abordagem (não incompatível com a primeira) é instalar outro gerenciador de inicialização ou gerenciador de inicialização que possa ser executado em vez do GRUB. Pode ser que você mude para esse outro ou simplesmente o mantenha como backup. Descrevo várias opções na minha página Carregadores de inicialização EFI para Linux . Se você configurar um gerenciador de inicialização como backup, deverá permitir que a substituição continue e, em seguida, invertê-lo manualmente quando estiver pronto, e se algo der errado, você ainda poderá inicializar.