O local correto para colocar .desktop
atalhos está em $HOME/.local/share/applications
. Eu sempre coloco meus atalhos do Chromium lá (na verdade, eu tinha certeza de que eles já estavam lá por padrão).
I'm sort of a neat freak and don't like keeping things on my desktop
Esse é um bom hábito e você não deve ser forçado a manter atalhos nele.