Você precisa criar um arquivo .desktop para o seu programa (eclipse.desktop no seu caso). Em seguida, coloque-o no diretório / usr / share / applications ou em ~ / .local / share / applications se quiser que ele seja acessível apenas para um usuário. É mais fácil criar o arquivo na área de trabalho primeiro e testá-lo antes de copiar para o diretório destinado.
A estrutura básica de um arquivo .desktop é algo assim:
[Desktop Entry]
Type=Application
Encoding=UTF-8
Name=Sample Application Name
Comment=A sample application
Exec=application
Icon=application.png
Terminal=false
No campo Exec, você coloca um comando que deseja executar (eclipse). Eu acho que todos os outros campos são auto descritivos. Se você quiser informações mais detalhadas sobre o arquivo .desktop, então há muitas informações on-line.