Wayland deve ser um substituto completo para X, não um addon, e trata dos problemas que lhe dizem respeito. Observe que, no momento, o Wayland não está pronto para produção e há um suporte limitado a drivers e kits de ferramentas para ele.
Parece que o Ubuntu não tem planos de integrar o Wayland no momento, e quer criar seu próprio servidor de exibição chamado Mir, que também pode resolver algumas das suas preocupações de segurança. A Mir também não está pronta para uso geral.
O DirectFB é uma solução básica para sistemas embarcados que oferece acesso direto aos programas do framebuffer da placa de vídeo. Não possui mecanismos de segurança.
Outra solução é não executar nenhuma GUI.