A lista initctl mostrará o processo gerenciado usando o arquivo nativo upstart. O serviço mostrará aqueles que usam um script de inicialização mais tradicional. systemctl mostrará o que usa o formato nativo do systemd.
O Ubuntu está migrando de scripts mais antigos para jobs upstart e, no seu caso, o cron é gerenciado pelo upstart e o ssh ainda é um script comum. O Upstart fornece algum recurso que o script de init não possui (como reinicialização automatizada se o serviço morrer, por demanda inicial, etc), portanto, os empacotadores são encorajados a migrar para trabalhos iniciantes.
Mas, no final, sim, ambos fazem o mesmo trabalho básico de iniciar os serviços, mas diferentemente, então eles não são exatamente intercambiáveis.