O WinUSB é antigo, obsoleto e desatualizado. Isso pode causar problemas em sistemas mais novos. Você deve estar usando o WineUSB ou outro software no lugar do WinUSB.
Esta resposta é, no entanto, deixada aqui como é para fins históricos.
Crie um Windows USB inicializável (Vista e superior) a partir do Ubuntu através do software WinUSB .
Ubuntu 12.04 a 15.04
Execute os comandos abaixo no terminal para instalar o WinUSB de um PPA ,
sudo add-apt-repository ppa:colingille/freshlight
sudo apt-get update
sudo apt-get install winusb
Aviso para o Ubuntu EFI:
instalando o WinUSB no EFI O Ubuntu desinstalará os pacotes do grub-efi para instalar os pacotes do grub-pc. Isso tornará seu sistema não inicializável se você não reinstalar manualmente o pacote grub-efi antes de reinicializar.
Para fazer a reinstalação manual, faça:
sudo update-grub
sudo grub-install /dev/sda
sudo update-grub
sudo reboot