O problema é o uso de aspas duplas na instrução echo. A senha tinha vários caracteres $
, que foram traduzidos como variáveis bash.
O comando correto usa aspas simples:
echo 'user:SOME_PASSWORD_STRING' | sudo chpasswd -e
Veja aqui mais informações sobre cotações: Diferenças entre doublequotes" ", singlequotes '' e backticks ´ ´ na linha de comando?