Após algumas pesquisas na web, descobri que a maioria dos elementos visuais no Gnome Shell pode ser encontrada no arquivo /usr/share/gnome-shell/theme/gnome-shell.css
.
Abrindo, percebi que está usando a fonte Cantarell que não foi instalada. Eu fiz o download da web e instalei-o (copiando os arquivos ttf em ~/.fonts
) e o problema desapareceu.